木刻雕版印刷是我国古代一项印刷工艺，约起源于唐朝。目前，金陵刻经处仍然保存了中国古代木刻雕版印刷的工艺。经书一般用棠梨木刻版，然后用水墨印刷。装订也颇讲究，有抽页、对折、齐栏、上纸捻、贴封面、切边、打眼、线装、贴签条等多道工序，大部头经书还要装上函套。金陵刻经印刷技艺于2006年被列入中国第一批非物质文化遗产保护名录，又于2009年成功入选联合国教科文组织《人类非物质文化遗产代表作名录》。
 

　　刻工在木版上雕刻反写字。通常，一块经版正反两面全部刻成要用半个月时间。
 

　　金陵刻经处正式成立后，杨仁山对各类佛教典籍热心搜求，并先后从日本和朝鲜等国寻回了《中论疏》、《百论疏》、《唯识述记》、《因明论疏》、《华严三昧章》等约300种国内早已散佚的隋唐佛教著述，加以刻印流布，使得三论宗、慈恩宗、华严宗等佛教宗派教义复明，以便后人研讨。在杨仁山的精心策划下，金陵刻经处还先后刊刻了《大藏辑要》，选佛典465种，计3300卷，另印刷佛像lo万余张。鲁迅先生在为其母祝寿时也曾在这里捐资刻印过《百喻经》。
 

　　出于弘扬佛法的考虑，杨仁山还为金陵刻经处规定了“三不刻”例，即：疑伪者不刻，文义浅俗者不刻，乩坛之书不刻。他曾说：“鄙人志愿，亟望金陵刻经处刻成全藏，务使校对刷印，均极精审，庶不致贻误学者。至他处所刻未精之本，听其自行流通，本处概不与之合并成书。”这固然是杨仁山立身做人的正直与研究学问严谨的体现，也是金陵刻经处长盛不衰的根本原因。由于金陵刻经处刊印流通的经书有不少是我国古代失传的佛典，加之刻版采用了经文与注疏结合的方式，且划分段落，添加句读，并经严格校勘，各方信士皆誉其为“最精善之佛典版本”，与别处寺院直接从《明藏》、《龙藏》翻刻者相比，真有霄壤之别。
 

　　金陵刻经保持了中国古代传统的木刻水印技艺，它由三个环节组成：一、刻版，包括写样、上样、雕刻等工序；二、印刷，包括放版、刷墨、复纸、压擦、揭纸等工序；三、装订，包括分页、折页、撮齐、捆扎压实、数书、齐栏、串纸捻、贴封面封底、配书、切书、打装订眼、帖书名签条等工序。
 

　　　此外，佛像版雕工艺精湛也是金陵刻经处的一大特点。金陵刻经处现藏的《西方极乐世界依正庄严图》、《慈悲观音像》、《灵山法会》等18种佛像雕版。均是杨仁山于同治、光绪年间参照《造像量度经》等资料，延请南京著名刻工潘文法、甘国有、姜文卿精心刻制完成的。尤其是由群像构成的《灵山法会》，人物形象多达97人，画面几无虚隙，但却层次分明，章法严整，人物神情各不相同，艺术价值甚高，堪称我国佛像版之绝品。
 

　　金陵刻经选本精严，内容纯正，校勘严谨，版式疏朗，字大悦目，刻印考究，纸墨精良，习称金陵本。目前该处手工印刷的佛教典籍有三百余种，约占全部经版数量的五分之一，其中包括《华严经》(80卷)、《玄奘法师译撰全集》(1347卷)等重要经论。金陵刻经的雕刻、印刷技艺以口传心授方式承传，现已传到第七代。